Думаю, что размер колеса - маловероятная причина. Если б дело было в этом, то надо было б признать, что БК машины считает пробег на основе каких-то сторонних данных - например, данных спутника (GPS, ГЛОНАСС), которые позволяли бы убрать погрешность, связанную с размером колеса. Но, на сколько я могу судить, расчет ведется на основе числа оборотов (колеса, вала коробки, вала двигателя - не знаю, но не принципиально), а БК в свою очередь пересчитывает потом эти обороты в километры по стандартному штатному размеру колеса.
Дело, скорее всего, в разнице алгоритмов пересчета оборотов (для БК и для КПП) в километры. Возможно, разные обороты берутся за базу. Возможно, коэффициент пересчета оборотов в километры разный (может даже просто за счет банального округления этого коэффициента, то ли на КПП, то ли в мозгах БК).